তিনি ২০১১ সালের ১ জুলাই বাংলাদেশ পুলিশের (উপ-পরিদর্শক) এসআই পদে যোগদান করেন। মো. কমর উদ্দিন পুলিশের চাকুরী জীবনে বিভিন্ন সময়ে সিলেট মেট্রোপলিটন পুলিশের অধীনে সিলেট কোতোয়ালী থানা, দক্ষিণ সুরমা থানা, জালালাবাদ থানা, হযরত শাহজালাল তদন্ত কেন্দ্র, ডিবি, র‌্যাব ৭ চট্টগ্রাম, র‌্যাব ১৪ ময়মনসিংহয়ে দায়িত্ব পালন করেছেন। এছাড়া সিলেটের সুবহানীঘাট পুলিশ ফাঁড়ির ইনচার্জ হিসেবে অত্যন্ত সুনামের সাথে দায়িত্ব পালন করেন।

তিনি ২০১৮ সালে ইন্সপেক্টর পদে পরীক্ষা দিয়ে উত্তীর্ণ হয়েছিলেন। বর্তমানে বাংলাদেশ পুলিশের ১৩৫ জন সদস্যকে ইন্সপেক্টর পদে পদোন্নতি দেয়া হয়। তার মধ্যে রয়েছেন গোয়াইনঘাটের কৃতি সন্তান মো. কমর উদ্দিন। মো. কমর উদ্দিনের গ্রামের বাড়ি সিলেটের গোয়াইনঘাট উপজেলার ৭নং নন্দীরগাওঁ ইউনিয়নের নওয়াগাওঁ গ্রামে। তার পিতা মৃত মো. সফি উল্লাহ এবং মাতা মোছাম্মৎ ছুরেতুন বেগম।